小阴茎的病因目前尚不完全清楚。可能是在妊娠第三个月雄性激素缺乏，或促性腺激素低下以及外生殖器对雄性激素不敏感所致。小阴茎常伴有双侧隐睾、睾丸发育不良、垂体功能减退及肥胖等。

　　鞘膜积液

　　正常睾丸鞘膜囊内有少量浆液存在，性质与腹腔内浆液相似，有滑润作用，能使睾丸在其中自由滑动。在正常情况下鞘膜囊壁有分泌和吸收浆液的功能，并使其容量保持稳定。若鞘膜本身及周围器官或组织发生病变，使鞘膜的分泌、吸收功能失衡时，则形成各种不同类型的鞘膜积液。本症经治疗后一般预后良好。临床的重要性在于鞘膜内长期积液，内压增高，而使睾丸缺血，睾丸生精功能不良，导致不育。同时成人巨大鞘膜积液影响正常性生活，也可导致不育。

　　先天性小阴茎

　　小阴茎是指阴茎结构正常，但与同年龄的人比较阴茎过小。正常的男性新生儿阴茎长度平均为3.75cm，而小阴茎多不足1cm。进入青春期，男性的小阴茎呈儿童型。

　　小阴茎的病因目前尚不完全清楚。可能是在妊娠第三个月雄性激素缺乏，或促性腺激素低下以及外生殖器对雄性激素不敏感所致。小阴茎常伴有双侧隐睾、睾丸发育不良、垂体功能减退及肥胖等。也可见于染色体缺陷如Klinefeter综合征或真两性畸形或正常XY核型的男性有特发性（原因不明）小阴茎。

　　临床表现：

　　1、新生儿小阴茎多在1cm以下，甚至有不足0.5cm者，青春期或成年期均短于5cm，横径亦小。阴茎外观大致正常，尿道正常并开口于阴茎头部。

　　2、阴茎勃起无力或不能勃起，绝大部分不能性交。

　　3、睾丸、阴囊及前列腺发育不全。

　　4、第二性征不发育，如无胡须、腋毛及阴毛稀少，无喉结，部分病人有乳房增生。

　　5、严重的小阴茎可出现排尿困难。