潜伏期：淋病双球菌进入尿道后可分为三个阶段，第一阶段：侵入尿道，需36小时方能深入粘膜下层开始生长；第二阶段：发育阶段，淋病双球菌侵入机体约36小时内完成一个生活周期；第三阶段：排毒阶段，部分淋病双球菌死亡后，排出内毒素，从而引起组织对毒素的反应，开始出现临床症状。一般说，临床症状在感染后72小时之后发生，由于机体抵抗力强、淋病双球菌繁殖速度慢及其致病力弱、日常用药影响、病人反应及耐受状况等原因，淋病双球菌在人体内虽已寄生、繁殖致病，但没有主观和客观体征和临床症。感染可累及尿道、子宫颈、直肠、咽部。据报导，对无症状淋病病人进行尿道和子宫颈取材培养检查，淋病双球菌检出率男性达78%，女性为57%，平均为69%，无症状型者可迁延多年或终生无症状。但若身体虚弱、抵抗力差、性生活过度，酗酒等困素可缩短潜伏期，故潜伏期为2—10天，平均为3—5天。

　　临床症状期：临床上由于男女生殖器解剖特点的不同，有不同的表现。此外，由于治疗的不同，体质的差异，常有不同的临床表现。

　　男性淋病98—99%是因性交时受对方传染引起的。性交后，对方分泌物中的淋病双球菌沾染在男龟头尿道外口处生存，并逐步向尿道内口粘膜蔓延。当蔓延至尿道粘膜时，淋病双球菌便可大量繁殖，于1—24天内，平均3天左右便发生炎症反应。有大量多核细胞进入，吞噬形成脓球，产生以排尿困难和尿道有脓性分泌物为主的系列症状。

　　急性淋菌性尿道炎初期，淋病双球菌沾染在尿道外口和舟状窝处，表现为尿道口红肿、发痒及轻微刺痛，继而有稀薄粘液流出，严重者有轻度肿胀，引起排尿困难。24小时以后症状加剧，红肿发展到整个阴茎头及部分尿道，尿道粘液性分泌物渐多，冲出尿道口外溢。感染数日后，淋病双球菌侵及整个前尿道，大量多核细胞进行吞噬和形成大量脓球，脓液流向尿道口而溢脓。